在佛陀涅槃四百年之際，大聖主龍樹菩薩終於誕生於世。
龍樹菩薩的降生地，為印度南方的碑達巴。當時，一位當地的大婆羅門（龍樹菩薩之父）正苦於膝下無子。一天，他在夢中得到授記：如果向一百位婆羅門做法宴齋食，就會得到一個兒子。心急如焚的婆羅門趕緊照辦，不久，一個男童（龍樹菩薩）終於在期待的目光中出生了。
令人掃興的是，相士卻預言道：雖然嬰兒的面相很賢善，但他的壽命卻只有七天。聽到這一消息，原本欣喜若狂的父母一下子被打入了冰窖。不知所措之際，他們連忙向相士討教，希望能找到一個化解之方。相士回答說：「如果能向一百位婆羅門做法宴齋食，就會將壽命延至七個月；如果能向一百名比丘做法宴齋食，壽命就能增至七年。除此之外，就再也沒有其他辦法了。」聽完相士的回答，黔驢技窮的父母也只好遵循此策。
隨著七年期限的逼近，做父母的實在不能忍受眼睜睜地看見親生兒子的屍體出現在自己跟前，經歷白髮人送黑髮人的遭遇。不得已，只好將年幼的龍樹和僕人逐出家門。
主僕二人從此浪跡天涯，四海為家，經歷了漫長而艱難的漂泊歷程，他們先朝拜了羯沙流波坭（梵文譯音，意為空行，觀音菩薩一古化身立像），隨後又流落到那爛陀寺的羅睺羅門前。歷經滄桑的龍樹心事重重，百感交集地以婉轉悠揚、令人心碎的腔調唱起了吠陀經。哀怨的誦經聲打動了大婆羅門，他將菩薩童子請進了家中，並關切地詢問事情原委。
龍樹菩薩只得將自己的身世原原本本地娓娓道出。大婆羅門聽完後，出乎意料地回答說：如果能夠出家，就能免遭此難。山窮水盡的龍樹連忙答應了將來出家的安排。
大婆羅門羅睺羅在壇城中授予龍樹菩薩無量壽佛摧伏死主灌頂，並囑咐他務必精進持誦密咒，特別是在第七年的最後一個晚上，更是要通宵達旦徹夜念誦。依此良策，終於使他擺脫了死主的圍困。
八歲那年，他削髮出家，不久便對一切世間學科，以及大小乘的所有經典通達無礙。
之後，他拜見了早已心灰意冷的父母。意外的重逢，使二老喜出望外、信心倍增。
他又向大婆羅門請求，希望能將其餘的吉祥密集等眾多密法予以傳授。一直對他暗中欣賞的大婆羅門於是欣然將續部、耳傳竅訣及教誡傾囊相賜。
隨後，他又在親教師前得受近圓戒，法號具德比丘。尊者以這種勇於進取的方式，在那爛陀寺圓滿地聽受了三藏四續的所有傳承。最主要的是，由於歷世以來一直受到至尊文殊菩薩的攝受，尊者此生也在文殊菩薩化現成天子形象的智寶菩薩前恭聆了所有顯密勝法，並將本師釋迦牟尼佛於此世間宣說的一切顯密秘密奧義徹底了達於心。
此時，一場嚴重的飢荒正在四處蔓延，很多地方都呈現出一片赤地千里、餓殍遍野的悲涼景象。那爛陀寺僧眾們的生存也面臨著前所未有的困厄。於此危急關頭，長老羅睺羅賢任命龍樹菩薩擔當那爛陀寺安居執事的重任，令其負責僧眾們的飲食起居。
受命於危難之際的龍樹菩薩慷慨應命。他在寺廟中以點金劑將大量紅銅變為黃金，並以此黃金從無有飢荒的地區換回了稻穀、青稞等所有生活資具，使該寺僧眾在十二年的飢饉中沒有受到絲毫困擾。
隨著時間的推移，失毀戒律的行為日益猖獗，並開始遍佈各地，佛教內部的律藏受到了極其沉重的打擊。龍樹菩薩不忍心看到衰落場面的出現，於是將失壞戒律的數千僧人毫不容情地予以擯除，又為具緣諸眾廣為闡演三藏妙法，尤其是將律藏勝法作為彰揚重點。
有如當年世尊在鹿野苑初轉法輪敷演四諦妙法一般，當時的智者們，將龍樹菩薩三次出大妙法音中的第一次──興利除弊、激濁揚清，整治戒律衰敗之行，共稱為「戒律大法音」。
此時，魔王波旬出世，並化現成名為「行樂比丘」的僧人。他撰寫了大量污蔑詆毀大乘佛法的論典，使大乘佛教的見解與行為都面臨著極大的威脅。龍樹菩薩力挽狂瀾，將各種討伐邪說、遏惡揚善的理證廣為傳播，使荒謬邪見遭到了致命的迎頭痛擊，終致奄奄一息，甚而一蹶不振。
尊者乘勝追擊，又向各道各階層的具緣者廣宣三藏妙法。一次，有兩位少年也加入了聞法者的行列。令人驚奇的是，在他們周圍，彌漫著一股濃郁而沁人心脾的芬芳，及至尊者身前，香味忽然消失。尊者問其原委，兩位童子回答道：「我們是安止龍王的兒子，來到人間就需用果協喀檀香（喜瑪拉雅山所產的一種白旃檀）護身。」龍樹菩薩又問道：「能給我一些這種檀香嗎？」龍子回答道：「待我們請示父王之後，才能答覆於您。」
隨後，二位龍子趕緊返回龍宮向龍王稟報。龍王回答說：「如果龍樹阿闍黎能光臨龍宮，我們將予以供奉。」
得知龍王的條件之後，具有遠見卓識的龍樹菩薩，瞻矚到令龍界無量所化諸眾能培植善根，以及迎請《般若十萬頌》等經典的諸多必要，於是應邀前往龍宮。
以安止龍王等大力龍王為首的無數行善龍眾，在向尊者供養了數不勝數的供品之後，便抓住時機祈求傳法。
諸龍之請正中尊者下懷，龍樹菩薩因勢利導，向龍王及其眷屬細緻入微地解說了善妙佛法。深感受益匪淺的眾位龍王捨不得尊者就此離去，便極力挽留尊者能常駐龍宮。
尊者婉言相拒道：「我此行的目的，是為了籌集修建千萬佛塔的檀香，以及迎請各類經函，實在沒有空閒久住龍宮。不過我可以答應你們，將來我一定會重返龍宮的。」
眾龍王見勸說無效，遺憾之餘，只好將大量檀香、《般若十萬頌》以及眾多《陀羅尼經》恭送予尊者，令其攜至人間。為了確保龍樹阿闍黎能再次光臨龍宮，諸龍王心生一計，強烈提出：「我們必須扣留經函後面的一小部分以作為質押。」
因為從龍宮迎請的《般若十萬頌》的《常啼菩薩品》及《勝法品》缺漏，所以後人便將《般若八千頌》的最後兩品，替換到《般若十萬頌》中，因此，廣略《般若經》最後兩品的內容是完全相同的。
回到人間之後，龍樹菩薩便利用從龍宮收集的珍貴檀香，建造了千萬佛塔等各種所依。因為這一切都得益於龍王的大力協助，所以尊者從此便被世人尊稱為「龍樹菩薩，或龍猛菩薩」。
隨後，尊者又前往里喀惹（印度一地名，盛產甘蔗），並利用點金術之所得廣作布施。一對婆羅門老夫婦因得到大量尊者恩賜的黃金，而生起了無與倫比的信心，老婆羅門自願擔當起侍從的職責，並在尊者前聞聽了佛法，死後轉生為後來赫赫有名的大阿闍黎──龍菩提。
在龍樹菩薩的帶領下，星星點點的佛塔如雨後春筍般拔地而起。
一次，正當他準備將一塊酷似鈴鐺的岩石變為黃金，一位度母化現的老婦人語重心長地提醒道：「只有修持佛法，才是事關重大的要舉。你應當到吉祥山去修行。」為了表達感激之情，他在當地恭造了《度母修法儀軌》。
之後，龍樹阿闍黎在印度中土六大城市的所有主要方位，又興建了不勝枚舉的佛殿、佛塔，並為演說佛法的各大上師修建了眾多供養處。
他還為感召而至的贍部洲大多數希求趨入佛法，並尋求法義者廣賜深妙法義，特別是佛陀親口所宣的那段教言：「深寂離戲光明無為法，猶如甘露法性吾已得，為誰宣說亦不可證悟，故當無言安住寂林中。」
因為世人極難徹底領會《般若經》之珍寶法義──實相空性，真實無謬的通達者絕無僅有。大多數人在聽到此理後都驚恐不已，繼而棄置不理。有的人雖然生起了信解，卻將無有自性之義執著為單空，從而墮入了斷邊。
但是，如果不能曉悟空性之義，就無法行進於解脫與證達一切智智之道。龍樹菩薩意識到這點後，為大悲心所驅使，情不自禁地發出了令世人通曉諸法實相均為緣起，在勝義中絲毫自性也不可成立，在名言中黑白業果無爽不欺，但二者之間卻並不相違的中觀賢妙道之大法音。
以「不生亦不滅……能說是因緣」等偈頌為內容，尊者撰寫了《中觀根本智慧論頌》及其支分──其他理集諸論《中觀六論》。
如實地將往昔世尊在靈鷲山賜演的《般若經》珍寶法義，在贍部洲大力彰顯，昭然示眾，再一次發出了大乘妙法之音。智者們一致公認這次壯舉，為大聖者龍樹菩薩於贍部洲所發三次大法音中的「第二次出大法音」。
考慮到更多所化諸眾的利益，尊者決定起身前往北俱盧洲。途中偶遇一名孩童，尊者因孩童的「則達嘎」手紋，而授記此孩童將成為國王，隨後又繼續上路趕往北俱盧洲。
到達目的地後，尊者將衣服掛在衣杆上，然後開始沐浴。當他人準備將衣服取走時，尊者一反常態地高聲疾呼：「那是我的！」不明其義的當地人便因此而將尊者稱為「我所者」。
當北俱盧洲調化眾生的事業圓滿，尊者重返故土之時，曾被尊者授記將掌管王位的孩童已經成為了一名國王（名為樂行王）。尊者於是在樂行國王的供養殿中居住了三年，並盡心竭力地廣弘精妙佛法。
遵循至尊度母的指點，尊者去往南方的吉祥山。在當地，他主修精髓妙法，並為以大弟子聖天、佛護等眾多受持佛法大德為主的無邊無量之人與非人眾生，精勤不倦地惠賜了深廣妙法。一如佛陀再次親臨人間一般，使正法更加欣欣向榮、蒸蒸日上。
為了令佛法永不衰落、恆常住世，尊者在金剛座建造了石網欄（依照印度的風俗，建造石網欄可以起防止大象的侵擾，起護衛的作用。至今，在金剛座仍可看到許多石網欄廢墟。據《印度佛教史》記載：「金剛座的菩提樹遭受大象損害時，在菩提樹背後立兩塊石碑，因而多年無事。以後又被損害，在石碑上各立一手執棍棒的摩訶迦羅騎獅像，多年出生饒益。又被損害，於是周圍用石格子圍繞起來，外面建立一百零八座有神像的塔」）與多達幾百座的佛塔，還對吉祥米積塔（《紅史》注釋中說道：「吉祥米積塔，為印度東方靠近緬甸的林參城中心的一座佛塔。建造了圍牆。」此廢墟至今尚在。據《印度佛教史》記載：「……給吉祥米積的塔建立圍牆，圍牆內建立一百零八座佛殿。」由此可見，龍樹菩薩當年所做的裝飾，主要是修建圍牆和佛殿）進行了裝飾，又為諸位僧眾修建了為數可觀的經堂。並囑託馬哈嘎拉等護法承擔起守護正法的事業，督促贊札嘎、增祿天母等諸位財神，務必恭敬承侍供養護持正法的諸位大德及其眷屬，以各種方式促進了正法的進一步繁榮興旺。
尊者後半生的主要精力，都投入到在南方吉祥山如同世尊重返人間一般廣轉顯密之輪上面。特別因撰著《讚法界論》等論著，而被人們共稱為「第三次出大法音」。猶如佛陀當年三轉法輪一樣，將無以數計的所化之眾引入了大乘之道，使佛陀演說的了義經典之義穩如泰山、堅如磐石，不為他人所摧。
為了後世所調諸眾的利益，尊者在一生中撰寫了數目驚人的闡釋三藏四續密意之論典，包括以理證之道宣說趨入佛法圓滿精華大乘道之圓滿菩提道次第的《中觀寶鬘論》、以教證而建立此道的《經集論》、結合道次第精要與佛陀教言的《稻稈經釋》、包括《讚至尊了義文殊》等在內的《讚頌集》、《密集略修》、《經部修法集錦》、《菩提心釋》、《圓滿次第之五次第論》、《中觀根本慧論頌》、《六十正理論》、《細研磨論》、《七十空性論》、《迴諍論》、《親友書》、《百智論》、《令眾生愉悅之十一頌》、《八粗墮》、《普賢行願品合併本釋》、《夢境如意寶語》、《布施語》、《出世語》、《八加行》、《智樹論》、《規範論》、《養生篇》等闡釋經續密意的論典，另外還有《顯密道次第》、《四續本尊修法》等異彩紛呈、不拘一格的論著。
龍樹菩薩的此等壯舉，使佛法越發興盛，也使魔王波旬及其眷屬火冒三丈、嫉妒萬分，甚至到了不堪忍受的境地。他想不出其他高招，只好鑽入樂行王后的胎腹中伺機作惡。不久王后臨產，生下一名為「具力」的太子。
時光飛逝，斗轉星移，具力太子在優越的環境中一天天長大了。一天，母后將一件世間珍稀難得的無縫衣贈予愛子，太子告訴母后：「我現在先把它收藏起來，等到有朝一日我繼位登基、治理江山之時再穿它。」母后無奈地告訴兒子：「你的父王與龍樹阿闍黎已經成就了等壽金丹術，在阿闍黎沒有圓寂之前，你父王是不會死去的。你這輩子恐怕沒有希望繼位執政了。」
母后的一席話，使具力太子生起了極大的憂傷，他抑制不住內心的失望，禁不住悲從中來、號啕大哭。母后連忙安慰道：「你用不著哭泣，我倒有一個主意。因為阿闍黎是一位安住於廣大菩薩行境界的菩薩，如果你向他索要頭顱，他必定會慨然施予的。如果他圓寂，你的父王也會因此而命終。這樣一來，你就可以穩坐王位了。」
聽完母后的「高見」，具力太子躊躇滿志、躍躍欲試，他迫不及待地趕到龍樹菩薩身前，提出了索要頭顱的要求。
大聖者龍樹菩薩思索到：「大悲世尊在因地時，也曾行持過布施頭顱等菩薩難行。我也應當如此追循佛陀的足跡，繼承佛陀的事業。為了懾服魔王波旬，為了利益後代眾生，為了諸大佛子能生起勇氣，我應當行此布施。」想到這裏，尊者爽快地答應了索要頭顱的要求。
王子喜不自禁，立刻揮起寶劍向尊者的頭顱砍去，然而頭顱卻並沒有被砍掉。尊者和藹地向目瞪口呆的王子解釋道：「往昔我在刈割茅草時，曾割斷過一隻小蟲的脖頸，因為這個罪過，所以用吉祥草便可以砍斷我的頭顱。」王子遵言而行，果然如願割斷了尊者的頭顱。
此時，只見殷紅的鮮血化為了白色的乳汁，龍樹菩薩的頭顱吟出了振聾發聵的一段自白：「我今往生極樂剎，將來亦入此身體。」
王子擔心頭顱會重新復原，便將其扔到了一由旬以外的地方。因為龍樹菩薩已成就了金丹術，所以其法體與頭顱都化為了頑石。令人驚訝的是，法體與頭顱不但沒有隨著時光的流逝而風化，而且因歲月的遞增，二者之間的距離也在一步步縮短。等到將來重新復合之時，復合後的新法體就會像龍樹菩薩住於塵世一般，對眾生具有不可估量的利益。
因為大尊者龍樹菩薩長久以來獲得了登地菩薩的自在成就，才能在布施頭顱時，做到臨危不懼、歡天喜地。這一切，也是在向世人宣告尊者的得地之相。
《入中論》云：「且如佛子聞求施，思維彼聲所生樂，聖者入滅無彼樂，何況菩薩施一切。」正如在得地之後，布施頭顱不但不會有痛苦，而且會生起超勝於比丘一禪等持的歡喜與大樂的說法一樣，龍樹菩薩已經獲得登地果位的成就，是在佛經中已經明示，世人也是有口皆碑的。
其共同部分的示現，是在吉祥山修持長達兩百年，地道功德輾轉增上，最終獲得了共稱的七地果位。
在得到一地果位之後，即能獲得於一百個世間界中化身為一百位祖師，並同時於一百位佛陀前化為一百尊身體聆聽佛法等十二種一百功德。
因為此等功德在獲得二地果位之後，更會往上遞增。由此可想而知，尊者所擁有的功德也是不可思議的。
關於尊者的不共同示現，在《明炬論》中描述道：「大阿闍黎龍樹菩薩在獲證真如法義後，於世間界暢演各別自證金剛持之大等持。既擁有超離於人天之安樂，擁有超離於外道、聲聞以及緣覺的禪定與等持之安樂，也獲得了遠離生滅的具有一切殊勝的如來之身。其身見而無厭，並具有十力以及十無畏等佛之功德嚴飾，前往極樂剎土，以擁有八種功德自在而住於世。」以上內容說明，龍樹菩薩此生依靠密集之道，已經現證了雙運金剛持的果位。
大聖者龍樹菩薩還培養了舉不勝舉、出類拔萃，對佛陀所宣說的了義不了義之八萬四千法門，在以無垢理證善加辨析之後，能夠受持與弘揚準確判別佛陀密意旨要的持法意子。其中公認的有四名意子與三名近意子，一共為七名主要弟子。
龍樹菩薩的四位意子分別為：親覲文殊菩薩的釋迦莫札、謁見度母的那嘎博得、獲證八地果位的聖天論師、目睹過觀音菩薩金顏的瑪當嘎巴。三位近意子分別為：佛護論師、清辯論師與馬鳴論師。
諸大弟子中不可抗衡、無與倫比的，當數聖天論師。聖天論師在一生中撰寫了大量無有稍許錯謬之垢、如理抉擇龍樹菩薩密意的顯密論典。他依照龍樹菩薩的意趣，撰著了闡述引導世人趨入甚深廣大道次第之圓滿無垢理證之道的《中觀四百論》、宣說以密集金剛為主的兩種無上道次第之究竟密要的《攝行燈論》以及指不勝屈的其他論典。
聖地印度的智者們，都心悅誠服地將被譽為「龍樹阿闍黎父子」的龍樹菩薩與聖天論師，共稱為一切智智的量士夫。往昔的中觀論師們，都將這兩位阿闍黎的論著，恭稱為「母中觀」，以作為一切中觀見解的究竟源泉。
關於釋迦莫札阿闍黎，有這樣一種傳說：《圓滿次第之五次第論》中的前兩部分，是龍樹菩薩恩准該尊者寫成的。雖然尊者的其他論著已經流失，但這位阿闍黎為眾多有緣者廣弘龍樹菩薩善妙主張的事蹟，必將傳頌千古、流芳百世。
所謂「那嘎博得」，也就是指龍菩提阿闍黎。他依靠龍樹菩薩的竅訣，成就了金剛虹身。尊者居於吉祥山等修行處，攝受了無以數計的空行勇士、空行母及有緣人。據尊者的傳記記載：在噶當派前期，這位阿闍黎化為幻化身，親自為噶當派的眾多大善知識，傳授了大量竅訣與教誡。
大成就者秋多吉（法金剛）曾三番五次與該尊者會晤，共同商議有關金剛乘的教言。在四世班禪洛桑卻吉堅贊（1567－1662），譯言善慧法幢。為四世達賴和五世達賴喇嘛近圓戒師，札什倫布、色拉、哲蚌三寺寺主。1645年，受固始汗封為「班禪博克多」稱號；1647年，又受清順治帝封為「金剛上師」名號。後被追認為第四世班禪額爾德尼，為札什倫布寺和合塔竣工開光之時，龍菩提阿闍黎與大成就者秋多吉雙雙降臨，並肩居於塔頂為佛塔開光，還向班禪洛桑卻吉堅贊賜傳了竅訣與教誡。該位阿闍黎還撰寫了《密集壇城儀軌》，包含《直指三身道用》在內超凡絕倫的《安立次第》，以及浩如煙海的其他著作。
瑪當嘎巴是將龍樹菩薩的耳傳竅訣圓滿授予大成就者帝洛巴的接力者。此外，尊者還為五湖四海的有緣者鞠躬盡瘁地闡顯了甚深妙法。
龍樹菩薩住於人間長達六百年之久，在世期間為佛法做出了不可磨滅的貢獻。在他一生的前、中、後三個階段，層出不窮地栽培出了遍佈四海的弟子。其中晚年的所有主要持法弟子中，堪稱頂飾的當數月稱阿闍黎。
據往昔的佛教歷史記載：在龍樹菩薩前往極樂剎土之際，曾感慨萬分地說道：「關門弟子乃月稱，終結之法說無生。」
龍樹菩薩在六百年中，忠心耿耿地護持正法。據說，一旦將來其法身與頭顱重新拼合以後，尊者還將為南贍部洲眾生的利益進一步做出貢獻。最終於極淨光世界圓證佛果，號智源光如來。
因此，希求修持菩提道次第的諸眾，應當至誠祈禱聖者龍樹菩薩，嚴格奉守尊者的教誨：從依止具相善知識直至獲得雙運佛果之間，為獲取於顯密圓滿道之定解，以教證理證，而以巨大之精進勇猛不斷地修持！
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